手術室是醫用凈化應用最廣泛的地方，手術室凈化能否高效、正常的運行，取決于醫用凈化工程的質量，在打造凈化手術室的過程中，須注意墻面材料的選擇，空間布局合理，方便順暢的人流、物流，電源、水源、照明等設施的安裝。具體來說，手術室凈化應做好如下9個方面。
1.墻面和天花板采用可隔音、堅實、光滑、無空隙、防火、防濕、易清潔的材料，顏色采用淡藍、淡綠為宜。墻角呈圓形，防止積灰，觀片燈及藥品柜、操作臺等應設在墻內。墻面與平頂，墻面與地面及不同的墻面與墻面相交處的陰（陽）角，宜做成小圓角構造（R≧50mm），以避免積塵，方便清掃。
2.門應寬大、無門檻，凈寬不宜小于1.4m，便于平車出進，應避免使用易擺動的彈簧門，以防氣流使塵土及細菌飛揚。宜采用設有自動延時關閉裝置的電動懸掛式自動感應門。窗應雙層，最好用鋁合金窗框，有利防塵保溫。窗玻璃以茶色為宜。
3.電源：應有雙相供電設施，以保證安全運轉。各手術間應有足夠的電插座，便于各種儀器設備的供電。插座應有防火花裝置，手術間地面有導電設備，以防火花引起爆炸。電插座應加蓋密封，防止進水，避免電路發生故障影響手術。總電源線集中設在墻內，中央吸引及氧氣管道裝置都應設在墻內。
4.水源和防火設施：各工作間應安裝自來水龍頭，便于沖洗，走廊及輔助間應裝置滅火器，保證安全。冷熱水及高壓蒸氣應有充分保證。
5.走廊寬度應不少于2.5m ，便于平車運轉及避兔來往人員碰撞。
6.地應采用堅硬、光滑易刷洗的材料建造。地面稍傾斜向一角，低處設地漏，利于排出污水，排水孔加蓋，以免污染空氣進入室內或被異物堵塞。
7.通風過濾除菌裝置：現代手術室應建立完善的通風過濾除菌裝置，使空氣凈化。其通風方式有湍流式、層流式、垂直式，可酌情選用。
8.照明設施：普通照明燈應安裝在墻壁或房頂。手術照明燈應安裝子母無影燈，并備用升降照明燈。
9.手術室出入路線布局：出入路線的布局設計需符合功能流程與潔污分區要求，應設三條出入路線，一為工作人員出入路線，二為傷病人出入路線，三為器械敷料等循環供應路線，盡量做到隔離，避免交叉感染。
手術間的溫度調節非常重要，應有冷暖氣調節設備。空調機應設在上層屋頂內，室溫保持在24～26℃，相對濕度以50％左右為宜。一般手術間為35～45㎡，特殊房間約60㎡，適用于體外循環手術、器官移植手術等；小手術間面積在20～30㎡。
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